La Junta de Planificación es una agencia estatal autorizada por la Ley Núm. 3 de septiembre de 1961 para llevar a cabo la preparación de Reglamentos y Mapas con el propósito de controlar las construcciones en áreas propensas a inundaciones. En 1978, Puerto Rico se unió al Programa Nacional del Seguro de Inundación (NFIP, por sus siglas en inglés) como una comunidad participante. El Gobernador de Puerto Rico designó a la Junta de Planificación como Coordinador del NFIP.

La Junta adopta la reglamentación federal (Código de Reglamentación Federal 44CFR) para la administración de los valles inundables. En 2005, la Junta adoptó los Mapas de Tasas del Seguro de Inundación (FIRM, por sus siglas en inglés) de FEMA y sus enmiendas correspondientes en 2009.

En el 2016 se estableció la Oficina de Geología e Hidrogeología mediante la Ley 302 de 2004, con el objetivo de fortalecer el análisis de los proyectos presentados ante la Junta de Planificación y de estudiar con rigurosidad las implicaciones de las decisiones que le corresponde tomar a dicha agencia. Actualmente la oficina es responsable de supervisar la Unidad de Inundaciones y Unidad de Zona Costanera.

La Oficina desempeña las siguientes funciones:

Proporcionar análisis y evaluación de riesgos en la determinación de los usos del suelo, brindando asesoramiento en áreas de inundación, riesgos geológicos y costeros.

Reducir el impacto de desastres causados por inundaciones y deslizamientos de tierra en el futuro a través de la preparación y mitigación.

Puerto Rico forma parte del Cooperating Technical Partner (CTP) desde el 2001. El programa CTP potencia alianzas entre FEMA y entidades elegibles. El propósito de estas alianzas es brindar apoyo en la identificación y evaluación de riesgos con el objetivo de empoderar a las comunidades para generar más conciencia y tomar medidas para reducir su riesgo a través de los últimos datos y recursos disponibles. 

La misión del programa CTP es fortalecer la efectividad del NFIP y respaldar los objetivos de mitigación de FEMA. El programa aprovecha las alianzas para ofrecer productos de alta calidad para la identificación y determinación de peligros, brindar apoyo a las comunidades y capacitarlas para que adopten medidas de reducción del riesgo basadas en datos y recursos fundamentados.